Aras, Çoruh ve Doğu Karadeniz havzaları topografik açıdan ortalama yüksekliği fazla olan nehir havzalarıdır ve Türkiye’nin kuzeydoğusunda yer alır. Yükseltinin fazla olmasından dolayı bu havzalarda birçok yüksek rakımlı göl bulunmaktadır. Ekstrem koşullarından dolayı yüksek rakımlı göller her zaman ilgi duyulan bir konu olmuştur. Bu çalışmada Aras, Çoruh ve Doğu Karadeniz havzalarında yer alan ve 2100 metrenin üzerinde bulunan doğal göllerin fitoplankton biyokütlesinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Aras havzasında bulunan Aygır Gölü (2126 m), Çoruh havzasında bulunan Balık Gölü (2146 m) ve Boğa Gölü (2358 m) ile Doğu Karadeniz havzasında bulunan Camlı Gölü (2757 m) ve Çakır Gölü (2556 m) incelenmiştir. Doğu Karadeniz havzası için 2018 yılında, Aras ve Çoruh havzaları için ise 2019 yılında üç dönemde fitoplankton ve su örnekleri toplanmıştır. Toplamda 48 fitoplankton türü teşhis edilmiştir. Bu göllerin ekolojik durumlarının değerlendirilmesi için fitoplankton biyokütlesi ile nutrientler (toplam azot ve toplam fosfor) arasındaki ilişkiler incelenmiştir. Nutrientler ile uyum gösteren fitoplankton biyokütlesi sonuçlarına göre; Camlı ve Çakır Göllerinin ekolojik durumunun çok iyi, Aygır, Balık ve Boğa Göllerinin ise ekolojik durumunun iyi olduğu tespit edilmiştir. Çok iyi durumda olan Camlı ve Çakır göllerinin yüksek rakımda yer alan göller için referans alan olarak değerlendirilmesi ve göllerin mevcut durumunun korunması için gerekli tedbirlerin alınması önerilir.